Інститут обліку і фінансів засновано професійним громадським об’єднанням – Федерацією аудиторів, бухгалтерів і фінансистів АПК України–у 2008 році.

Інститут входить до сфери наукової координації Національної академії аграрних наук України (рішення Президії, протокол № 10 від 18 травня 2011 р.). Здійснює наукову роботу у рамках програм наукових досліджень Відділення аграрної економіки і продовольства Національної академії аграрних наук України.